Органите на управление на Национална компания "Железопътна инфраструктура", съгласно Закона за железопътния транспорт са Министърът на транспорта и съобщенията, Управителен съвет и Генерален директор. 

НКЖИ се управлява от управителен съвет и се ръководи и представлява от генерален директор. 

Управителен съвет: 

Камен Веселинов Диков - Председател

Васко Борисов Балабанов - Заместник-председател

инж. Мария Донова Генова - Генерален директор